L'Associazione Nazionale Quadri Industria è amministrata da un Consiglio eletto dall’Assemblea nazionale  che è composto dai 30 ai 50 membri, equamente ripartiti tra le Associazioni o i Gruppi aziendali che compongono l'ANQUI.

Competono al Consiglio i compiti di primaria importanza per la vita dell'Associazione, come eleggere il Presidente e il Segretario generale, deliberare l'ammontare delle quote associative, approvare i bilanci e realizzare le linee espresse dall'Assemblea nazionale.

Funzioni e finalità del Consiglio nazionale sono presentati all'articolo 13 dello Statuto.